Sobre todo si hacemos un upgrade desde la versión 2, en muchos sistemas, algo no termina de cuajar y puede causar que cuando abrimos un enlace con nuestro gestor de correo, éste no se abra en nuestro navegador preferido.
Podemos hacer dos cosas:
Definir la aplicación con la que abrir los enlaces
Esta es la opción clásica usada en Thunderbird 2 y no recuerdo bien si también en la primera versión. Tenemos que hacer lo siguiente: Editar/Preferencias/Avanzado/General/Editor de configuración (para usuarios de Windows será Herramientas en lugar de Editar) y ahí buscar network.protocol-handler.app.http, y definir su valor a /usr/bin/firefox-bin (por ejemplo, debe ser la ruta y el ejecutable de nuestro navegador). Hacer lo mismo con network.protocol-handler.app.https.
Podemos también definir una aplicación para ftp, por ejemplo.
Pedir que nos pregunte con qué programa abrirlo
Por otro lado, podremos modificar la aplicación con la que se abrirán, accediendo a Editar/Preferencias/Adjuntos y buscar http o https.