Hasta ahora estaba trabajando con Kjots (sobre KDE3); aunque este tiene bastantes opciones como la organización de Libros, búsquedas en todas las páginas de un libro, copia de seguridad, permite adjuntar archivos y capturas de pantalla, así como insertar estilos a las notas.
Por otra parte, nos permite organizar los libros en pestañas y tiene una papelera donde insertamos los elementos eliminados y además… extensiones (aunque no hay muchas todavía, pero el sistema lo permite, esperemos que en poco tiempo haya más).
Si estás buscando un software para gestionar tus notas, prueba Keepnote.
Más info: KeepNote : Note Taking and Organization